南京市第二医院，又名江苏省传染病医院、东南大学附属第二医院，南京市瘤子医院、南京市老年病医院和该院合署。由宋美龄基金会创建于1933年。是三级甲等医院。
医院设有42个临床医技科室，包括普内科、肝病内科、消化科、感染病科、中西医结合科、瘤子内科、老年病科、普外科、肝胆外科、胃肠外科、甲乳外科、泌尿外科、瘤子外科、骨科、心血管内科、整形烧伤科、妇科、产科、妇瘤科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、重症医学科、人工肝看诊中心、及肾内科、血液内科、皮肤性病科、体检中心、放射科、超声诊断科、介入放射科、放疗科、检验科、药学部、临床科研中心等临床医技科室。
南京市第二医院，又名东南大学附属第二医院，由宋美龄基金会创建于1933年，其前身是国民党国立传染病医院。医院是江苏省三级甲等传染病专科医院，同时挂牌南京市瘤子医院、南京市老年病医院，常年为南京及周边地区患者供多层次、多方面的健康保健和病痛防范诊疗服务。
医院分为钟阜本部和汤山分院两个院区，核定床位1152张，实际开放床位1300张。一院两地，统一管理，缓解、教学、科研全面发展。现有在职职工1316人，其中卫技人员1136人，占86.32%，高等职称人员208人，博士21人，硕士研究生240人。有江苏省医学领军人才3人，省医学重点人才2人，省“333”工程人才12人，江苏省有突出贡献中青年和突出人才10人，江苏省“六大人才高峰7人；南京市有突出贡献中青年和突出人才4人。有南京大学、东南大学等高等院校博导、硕导共37人；东南大学教授10人，副教授9人。
一、钟阜本部
钟阜本部座落于市中心，地处鼓楼区钟阜路1-1号，拥有两座现代化的20层门诊病房大楼和医技病房大楼、急诊楼、120急救分站、地下停车场等，建筑面积8万平方米。年门诊量35万人次，出院病人1.3万人次。设有肝脏病痛科、瘤子科、中西医结合科、消化科、心血管内科、肾内科及、血液内科、骨科、胸外科、神经内科、肝胆外科、胃肠外科、甲乳外科、泌尿外科、整形外科、妇产科、心血管内科、肾内科及、血液内科、皮肤性病科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、门诊部、急诊科、重症医学科、麻醉科、体检中心、放射科、介入科、放疗科、超声诊断科、检验科、输血科、病理科、药学部、临床药物研究室、临床科研中心等临床医技科室。门诊设有相应的专科及特色门诊。
二、汤山分院
汤山分院（市公共卫生缓解中心）位于江宁区汤山街道康复路1号，增挂江苏省传染病医院牌子，是江苏省传染病类紧急医学救援基地，艾滋病、结核病定点收治缓解单位。占地面积480亩，总建筑面积10.9万平方米，设置床位900张，主要收治各类传染病，目前开放病床350张。以消化道与呼吸道、接触性与非接触性等病种专科特色精细诊疗为主、综合诊疗为辅，是集防治、救援、应急为一体的，全市重大公共卫生事件应急救治中心。
现有A、B、C三幢建筑，每幢楼内部设有门急诊、病房和功能检查科室等辅助科室。A楼（综合楼）开放综合内科病区，行政科室，以及放射诊断部、供应室、静脉配置中心、手术室、介入室、血透室等医技科室。B楼（结核及应急楼）开放结核病区及结核门诊、急诊，重症监护病房（ICU）,支气管镜室、检验部（含输血室）、分子实验室、药房、挂号收费等医技辅助科室。 C楼（接触性传染病楼）开放感染病科病区、肝病病区，超声室（含心电图）、腔镜室、药房、挂号收费处等医技辅助科室。
